A 27 éves védő az előző szezonban 20 mérkőzésen volt kezdő az udineieknél, és sokat segített nekik abban, hogy eljussanak az UEFA-kupáig.
Zapotocny 2007 nyarán került az olasz együtteshez, előtte a Slovan Liberec játékosa volt.
Sajtóértesülések szerint a Besiktas három évre szerződtette a védőt, akinek vételára 600 ezer fontnak megfelelő összeg volt. Korábban honfitársa, Tomas Sivok is az isztambuliak kedvéért hagyta ott az Udinesét, míg az olasz klub Giandomenico Mestótól is elköszönt.