Morales edzői karrierje elején a Bayern München U16-os csapatát dirigálta, majd Giovanni Trapattoni segítője lett a felnőtteknél. Később dolgozott az AC Milan játékosmegfigyelőjeként és a ghánai válogatott másodedzőjeként is. Később már vezetőedzőként irányította többek között a holland De Graafschapot, a svájci Bellinzonát,a német Fortuna Düsseldorfot és a Waldhof Mannheimet is. Legutóbb pedig a cseh élvonalbeli 1. FK Pribram csapatánál töltötte be ugyanezt a pozíciót.
Sisa Tibor azok után távozott a patinás fővárosi klub kispadjáról, hogy csapata 1-0-s vereséget szenvedett a Zalaegerszegtől, amely mérkőzéssel folytatódott a piros-feketék vesszőfutása.