A támadó középpályás 2008-as debütálása óta már több mint 170 hivatalos meccsen szerepelt a Bayern München első csapatában, amellyel bajnokságot és kupát nyert (mindkettő 2010), és kétszer bejutott Bajnokok Ligája-döntőbe is (2010, 2012).
"Nincs olyan klub, ahová feljebb léphetne egy Bayern München-játékos - mondta Müller. - Legfeljebb ugyanazon a szinten maradhat. Ha az ember itt játszik, és fontos része a csapatnak, nincs ennél jobb klub. A körülmények rendkívül jók."
"A legkomolyabb hazai és nemzetközi trófeákért harcolhatunk, és nagyon boldog vagyok itt. Semmi sem szakíthat el a Bayerntől." A Bayern-nevelés Thomas Müller az idei szezonban 15 meccsen 9 gólt szerzett a bajnokesélyes csapatban.