A 21 éves Djourou 2003-ban igazolt az ágyúsokhoz a svájci Etoile Carouge kötelékéből, majd a következő szezonban már debütált.
Azóta ötvenegy alkalommal volt kezdő, a 2006/07-es szezonban harminc mérkőzésen szavazott neki bizalmat Arséne Wenger. A tavalyi idény első felében a Birmingham City keretét erősítette, decemberben ugyan visszatért a londoniakhoz, de sérülés miatt csak a szezon végén jutott szerephez.
Djourou ugyan Elefántcsontparton született, de Genfben nevelkedett, így a svájciak nemzeti válogatottját erősíti, a 2006-os világbajnokságon egyike volt a legfiatalabb játékosoknak.