Vilanovánál pajzsmirigy-daganatot diagnosztizáltak, az elmúlt másfél év alatt kétszer is megműtötték, 2013 elején elején New Yorkban vett rész kemoterápiás kezelésen, de a legutóbbi tesztek hírei nem megnyugtatóak a hírek szerint. Másodszor is kiújult betegsége.
A 44 éves tréner a La Vanguardia szerint már benyújtotta lemondását.
Egyik segítője, a nyáron érkezett Joan Francesc Ferrer Rubi veheti át az irányítást a katalán sztárcsapatnál, amellyel Vilanova - Pep Guardiola utódja - spanyol bajnoki címig és BL-elődöntőig jutott az előző szezonban.