A spanyol versenyző az első szabadedzéshez hasonlóan ismét nem talált legyőzőre a motegi versenypályán.
A második helyen a gilerás Marco Simoncelli, míg a harmadikon az apriliás Héctor Barbera zárt a negyedliteresek között. Tóth Imre a 23. legjobb időt érte el.
| 1. | Alex Debon | Spanyolország | Aprilia | 1:52,807 perc |
| 2. | Marco Simoncelli | Olaszország | Gilera | 1:52,833 |
| 3. | Héctor Barbera | Spanyolország | Aprilia | 1:52,861 |
| 4. | Aojama Hirosi | Japán | KTM | 1:52,902 |
| 5. | Álvaro Bautista | Spanyolország | Aprilia | 1:53,125 |
| 6. | Takahasi Juki | Japán | Honda | 1:53,157 |
| 7. | Héctor Faubel | Spanyolország | Aprilia | 1:53,437 |
| 8. | Julian Simon | Spanyolország | KTM | 1:53,574 |
| 9. | Roberto Locatelli | Olaszország | Gilera | 1:53,632 |
| 10. | Aleix Espargaro | Spanyolország | Aprilia | 1:53,658 |
| ...23. | Tóth Imre | Magyarország | Aprilia | 1:58,000 |