Casey Stoner az időmérőn vetett véget Nicky Hayden addigi egyeduralmának Valenciában, hiszen 2006 világbajnoka az első három szabadedzést megnyerte. Az ausztrál pedig az időmérőn még sérült csuklóval is remekelt, így elcsípte az első rajthelyet.
Valentino Rossi ezúttal a szokottnál jóval gyengébben teljesített az időmérőn, hiszen az idén a nyolcadik világbajnoki címét ünneplő olasz csupán a tízedik helyről vághatott neki a futamnak.
Az előző esztendő összetett pontversenyének győztese jól kapta el a rajtot, és magabiztosan motorozott, míg Rossi a már tőle megszokott módon megindult, és egyre előrébb verekedte magát, egészen a harmadik helyig.
A folytatásban különösebb nehézség nélkül hagyta faképnél mind az olasz Andrea Doviziosót, valamint Nicky Haydent, de a Yamaha ezúttal kevés volt ahhoz, hogy Stonert és az őt követő Pedrosát utolérje.
Végül a Doctor tizenegy másodperccel az ausztrál klasszis mögött ért célba, Pedrosával szemben pedig hat volt a hátránya.
Rossi szempontjából így is pozitívan zárult a verseny, hiszen az elmúlt két szezonban nem ért célba Valenciában, és ez a harmadik hely az összetettbeli helyezését sem zavarta, hiszen már futamokkal ezelőtt, Motegiben begyűjtötte a vb-címet.
| 1. | Casey Stoner | Ausztrália | Ducati | 46:46,114 |
| 2. | Dani Pedrosa | Spanyolország | Honda | 46:49,504 |
| 3. | Valentino Rossi | Olaszország | Yamaha | 46:58,308 |
| 4. | Andrea Dovizioso | Olaszország | Honda | 47:10,273 |
| 5. | Nicky Hayden | Egyesült Államok | Honda | 47:12,346 |
| 6. | Colin Edwards | Egyesült Államok | Yamaha | 47:18,323 |
| 7. | Shinya Nakano | Japán | Honda | 47:20,685 |
| 8. | Jorge Lorenzo | Spanyolország | Yamaha | 47:21,775 |
| 9. | Loris Capirossi | Olaszország | Suzuki | 47:24,342 |
| 10. | Alex De Angelis | San Marino | Honda | 47:33,697 |