Szülővárosából a Real Madrid hívó szavára távozott, azonban a fővárosban éppen ezidőben zajlott a galaktikus korszak, ezért mindössze egy Real Zaragoza elleni találkozón lépett pályára a legendás fehér mezben. Mivel a Real Madrid ebben az évben megnyerte a Bajnokok Ligáját egyes források szerint BL-győztesként tartják számon.
A kölcsönben Valladolidban töltött évek során négy alkalommal játszott a spanyol U21-es válogatottban (Ausztria ellen a kerettársa volt Francisco Gallardo is) és azt is bizonyította, a felnőttek közt is megállja a helyét. Második valladolidi évében 15 gólt szerzett, ezzel csapata házi gólkirálya volt. Ezt követően érkezett Sevillába, a Betishez, ahol hat szezont töltött el. Tagja volt a 2004-2005-ös bajnokságban 4. helyen végzett és ugyanebben a szezonban a Király-kupát elhódító csapatnak.
Eredményének köszönhetően a 2005-2006-os szezonban a Bajnokok Ligájában indulhatott a Betis, és a Liverpool és a Chelsea mögött, de az Anderlechtet megelőzve a 3. helyen végzett a csoportjában. Fernando 2008-ban hazatért Malagába, ahol nyáron járt le a szerződése. A katari hatalomátvétel után a második csapatával készült és várta az újabb kihívást.
A DVTK-hoz szabadon igazolható státuszú játékosként érkezett, másfél éves szerződést kötöttek vele.