A Santostól 2011 nyarán igazolt futballista képtelen volt felnőni az elvárásokhoz a kék-feketék színeiben, így bár kap lehetőséget, de nem tudott az amúgy sem szárnyaló együttes kezdőjének állandó tagja lenni két év alatt.
„A fő célom, hogy az idényt a lehető legjobban zárjam le, jobban, mint a Roma és a Parma ellen sikerült" – kezdte nyilatkozatát a brazil játékos a hazájában megjelenő Sport Mediaset kérdésére, majd bizonytalanul folytatta.
„Csak akkor akarok azonban az Inter tagja lenni a jövőben, ha szükség van rám. Ha szeretnék, hogy maradjak, akkor maradok. Szerződésem 2015-ig szól, meglátjuk, hogy mi a legjobb megoldás mindkét fél számára. Egyelőre be akarom fejezni az idényt, aztán kiderül, hogy itt folytatom, esetleg kölcsönadnak" – tette hozzá.
A 27 éves Jonathan mindössze 20 mérkőzésen szerepelt az Inter jelenlegi idényében.